清日甲午戰爭，清國戰敗，將臺灣割讓日本，板橋林家為避難，林維源等人遷入內地，從此未再返台，僅令彭壽、祖壽回台管理家產。日治初期，在日本管理下一切如舊，但是後期園邸已開始遭受破壞。
　　
　　西元1949年，國共內戰，難民來台人士眾多，不少人選擇林家作為暫棲之地，隨後也有臺籍人士相繼入住。根據紀錄當時住有一千多人，三百多戶，政府還特別編了一個行政管理區劃為「留侯里」。在居住者的違章建築行為與任意拆建之下，內部的毀壞更嚴重，因此激起了國內外人士呼籲保存的行動，並開始謀求遷出現住戶與整修維護經費籌措等問題的解決之道。東海大學於西元1971年受當時縣政府委託對林宅進行規劃，復因鄰近住戶反對而作罷。西元1977年，林本源祭祀公業將林家花園的產權捐給臺北縣政府（新北市政府），並捐出新台幣1100萬元作為整修經費。
　　
　　臺北縣政府（新北市政府）便立即辦理留侯里居民的遷出作業，翌年委託台灣大學土木所都計室（台大建築與城鄉所前身），進行恢復舊觀的測繪及修復計畫工作。土木所動員內外師生在現場測量，描繪基地位置、面積、形狀、建築構造、佈置、建築細部、尺寸、花園現存物之位置、類別及鄰近基地環境之分析、規劃，完成各種圖樣後，並估計經費作為施工參考。
　　
　　在修復的方法與原則上，當時在殘蹟保存、略事修補及按原件修復之間，學界與各有關單位，甚至一般社會大眾居有些觀點上的差距，當時認為「殘蹟保存的殘缺美感較易引發思古之幽情與歷史感；而按原件修復，較接近我國傳統匱乏社會對豐富感的文化要求」。最後經由漢寶德先生、林衡道先生、王國璠先生、洪文雄先生、吳基瑞先生、馬以工小姐等之會議結論，提出幾點基本觀念；考量林家花園當時的現狀，盡量按原件修復，修復時限之下限為光復以前，以恢復原樣為原則。
　　
　　時至今日，古蹟保存的觀念及原則有更進一步的發展，除了建築本體價值之外，特別強調整合性保存的重要，對於歷史的斷代問題更具包容力；儘管如此，林家花園的保存與修復經驗，在臺灣的古蹟保存運動的意義上有其一定的地位。西元1982年底，花園的修復工程開始，經歷4年終告修復完成。修復經費共計動支新台幣1億5643萬3218元，分別由文建會、內政部、交通部觀光局、臺灣省政府及臺北縣政府（新北市政府）共同負擔。一座百年園林逐在社會及政府各部門的集體努力之下，獲致今日保存的成果。